Повечето учени дефинират пробиотиците като „живи микробни хранителни добавки, които влияят полезно и благотворно на човека, подобрявайки и оздравявайки вътрешния микробен баланс“. Въздействието на пробиотичните бактерии е изключително трудно да се обясни само чрез сега известните научни данни и наблюдения, вземайки под внимание наличието на милиарди бактерии в бактериалната екосистема на човека. Независимо от това, тяхното влияние върху човешката физиология е огромно и продължава да бъде обект на все повече наблюдения и нови научни факти. Все по-голямо научно и практическо внимание се отделя на тази "невидима" екосистема, която определя състоянието на болест и здраве при хората и при останалите живи системи. Според известните изследователи на проблема G. W. Tannock и H. W. Holzapfel пробиотичните бактерии оказват въздействие върху организма, като директно се колонизират върху интестиналната мукоза на червата и започват да произвеждат жизнено важни ензими и клетъчни биопродукти. Проучванията показват, че тази колонизация продължава до 10-15 дни и след това те се отмиват по естествен начин. G. W. Tannock обобщава търсените здравословни ефекти на пробиотиците в над 10 различни направления.